포켓몬스터 XY에서 레츠고 시리즈에 이르기까지 총 2.5세대간에 걸쳐 존속했던 시스템입니다. 포켓몬의 새로운 진화 방식입니다. 게임 내 캐릭터들의 대사 및 게임 광고 등에서 '진화를 뛰어넘은 진화'라고 소개됩니다. 포켓몬 최대의 수수께끼라고도 합니다. XY에 등장하는 포켓몬 박사인 플라타느박사의 주요 연구 분야입니다. 지금까지 포켓몬이 진화할 수 있는 횟수는 포켓몬에 따라 정해진 한도가 있었습니다. 그러나 메가진화는 그 진화의 한도를 초월한 새로운 진화입니다. 메가진화란 숨겨진 힘을 일시적으로 개방하여 일반적인 진화로는 있을 수 없는 힘을 발휘하는 것입니다. 그리고, 리자몽과 뮤츠는 X, Y라는 2종류의 메가진화를 가집니다. 닌텐도 드림 2013년 11월호의 마스다 준이치 & 모리모토 시게키 인터뷰에 의하면 메가진화한 포켓몬은 전설의 포켓몬 수준으로 강해지기 때문에, 메가스톤이나, 메가진화하는 포켓몬의 갯수도 딱 한마리만 하는것으로 했다고 합니다.
일반적인 진화와 달리 배틀 중에만 발생하며, 중요한 도구인 키스톤과 도구인 메가스톤이 필요합니다. 모든 최종진화 포켓몬은 메가진화를 가지고 있다고 알려져 있지만 만화와 게임에는 등장하지 않는 메가진화가 대부분입니다. 또, 키스톤 역시 필요하다. 키스톤은 스토리를 진행하다 보면 획득하게 되며 이 키스톤은 여러가지 형태로 가공해 트레이너가 장비하며 이 키스톤과 포켓몬이 지닌 메가스톤이 공명해서 메가진화하는 것입니다. 단 메가진화 자체는 아래의 도구없이 메가스톤, 키스톤만 있어도 사용이 가능합니다. 휴대성, 패션 용도로 이렇게 가공해서 사용하는 것. 하지만 사실 이렇게 트레이너와의 유대가 중요한 요소임에도 불구하고, 친밀도를 안 쌓아도 메가진화할 수 있습니다.
배틀 중에 메가진화한 포켓몬은 배틀이 끝나면 진화 전으로 돌아갑니다. 또한 소지 포켓몬 수와 관계없이 1번의 배틀에서 메가진화할 수 있는 포켓몬은 1마리 뿐입니다. 이 제한은 게임 밸런스를 위해 정한 것이라고 합니다. 참고로 메가진화한 포켓몬이 쓰러지면 원래 모습으로 돌아오며, 스토리 진행 중 기력의조각, 부활초 등으로 깨워도 해당 전투에서 다시 메가진화할 수는 없습니다. 메가진화한 포켓몬은 이름 앞에 '메가'를 붙여 부르며, 메가진화한 포켓몬은 모습이 바뀌고 종족치가 변화하고 타입이나 특성이 변화하기도 합니다. 이렇게 메가진화한 포켓몬은 모두 종족치 총합이 100 증가합니다. 여기에 대부분의 메가진화 포켓몬은 화력을 더욱 올려주는 특성을 가지고 있어서, 실제 운용에서는 적힌 종족치 이상의 밥값을 합니다.
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